رهبر انقلاب اسلامی با قدردانی از دست‌اندرکاران و پدیدآورندگان این همایش، به‌ویژه شخص حضرت آیت‌الله مکارم شیرازی، گفتند: امروز هر حرکتی که موجب شناخت بیشتر گروه‌ها و فرقه‌های اسلامی از یکدیگر شود، یک حسنه است و این گردهمایی از مصادیق حرکت در جهت اتحاد امت اسلامی است.
آیت‌الله خامنه‌ای با اشاره به تلاش دیرینه دشمنان برای رو دَر رو قرار دادن مسلمانان، افزودند: در چنین شرایطی، هر عملی که موجب شناخت مسلمانان از نقاط قوت یکدیگر و زمینه‌ساز هم‌افزایی آن‌ها شود، به وحدت و یکپارچگی امت اسلامی کمک خواهد کرد.
ایشان به نقش شیعه در طول تاریخ برای اعتلای علوم اسلامی و طبیعی اشاره و خاطرنشان کردند: این آثار و خدمات گران‌بها باید به امت اسلامی معرفی شوند زیرا مایه‌ی افتخار و موجب یکپارچگی خواهند بود.
رهبر انقلاب اسلامی با تأکید بر لزوم مراقبت جدی برای جلوگیری از ایجاد هرگونه شائبه و گلایه میان فِرَق اسلامی، گفتند: یکی از مسائل بسیار مهم و مورد نیاز کنونی دنیای اسلام، موضوع پیشرفت علمی و حرکت جدی در این زمینه است.
آیت‌الله خامنه‌ای، علت اصلی تحت سلطه قرار گرفتن دنیای اسلام را عقب‌ماندگی علمی دانستند و افزودند: دنیای غرب بعد از قرن‌های متمادی عقب‌ماندگی علمی، توانست با استفاده از پیشرفت‌های علمیِ دنیای اسلام، ثروت و قدرت علمی، نظامی، سیاسی و تبلیغاتی خود را افزایش دهد و در نهایت با استعمار، وضعیت کشورهای اسلامی را به شرایط کنونی برساند.
ایشان با اشاره به زورگویی قدرت‌های غربی به کشورهای اسلامی و دنباله‌روی بسیاری از حکام این کشورها از زورگویان بین‌المللی، تأکید کردند: این شرایط باید به‌واسطه پیشرفت علمی کشورهای اسلامی تغییر کند و دنیای اسلام می‌تواند بار دیگر در قله‌ی تمدن بشری قرار گیرد.
رهبر انقلاب، حرکت در مسیر پیشرفت علمی را وظیفه حکومت‌های اسلامی و نخبگان آن برشمردند و گفتند: نخبگان دنیای اسلام باید یک حرکت عظیم فکری و یک خواست عمومی برای پیشرفت علمی و رسیدن به قله‌ی علم و دانش را به وجود آورند.
آیت‌الله خامنه‌ای از حرکت جمهوری اسلامی ایران در مسیر پیشرفت علمی به‌عنوان یک نمونه موفق یاد کردند و افزودند: بر اساس گزارش‌های مراکز علمی جهانی، شتاب حرکت علمی ایران در سال‌های گذشته، ۱۳ برابر متوسط جهانی بوده است.
ایشان خاطرنشان کردند: ما این مسیر را تا رسیدن به مرزهای علم و دانش ادامه خواهیم داد و ایران برخلاف غربی‌ها، آمادگی انتقال دستاوردها و پیشرفت‌های علمی خود را به دیگر کشورهای اسلامی دارد.
رهبر انقلاب، پیشرفت در علوم اسلامی و علوم طبیعی را ضروری خواندند و افزودند: یکی از مواردی که اسلام می‌تواند در مسائل مختلف بشری «حرف نو» داشته باشد، در زمینه مسائل فقهی است که باید در این زمینه کار بیشتر و جدی‌تری انجام شود.
آیت‌الله خامنه‌ای با تأکید بر اینکه باید در زمینه فلسفه و علوم عقلی، سرعت حرکت علمی افزایش یابد، گفتند: غربی‌ها، فلسفه خود را تا عرصه‌های مختلف مسائل سیاسی و اجتماعی امتداد داده‌اند و ما نیز باید چنین کاری را انجام دهیم زیرا فلسفه اسلامی، قوی‌تر، ریشه‌دارتر و مستحکم‌تر از فلسفه غربی است.
ایشان با اشاره به گسترش بیداری در دنیای اسلام و افزایش گرایش به اسلام در جهان، خاطرنشان کردند: امروز جوانان در دنیا، سؤال‌های زیادی دارند که می‌خواهند پاسخ آن‌ها را در چارچوب اسلام بیابند، بنابراین باید حرکت علمی در دنیای اسلام شتاب بگیرد و امت اسلامی بار دیگر به اوج اقتدار علمی و تمدنی خود برسد تا دشمنان اسلام و آمریکایی‌ها نتوانند به رؤسای کشورهای اسلامی دستور بدهند و «باید و نباید» بگویند.
پیش از سخنان رهبر انقلاب اسلامی، حجت‌الاسلام والمسلمین اعرافی رئیس شورای سیاستگذاری کنگره‌ی «نقش شیعه در پیدایش و گسترش علوم اسلامی» گفت: «پاسخ به شبهات»، «تعمیق تفاهم میان مذاهب اسلامی»، «بازشناسی سرمایه‌های فکری شیعه و مسلمانان» و «دستیابی به نقاط قوت برای تکمیل و ارائه‌ی علوم اسلامی» جزو اهداف اصلی کنگره بوده است.
همچنین حجت‌الاسلام رضایی دبیر کنگره گزارشی از اهداف و برنامه‌های این همایش بیان کرد.