علی مطهری در باره پرونده بازداشتی‌های محیط زیست گفت: «مرجع تخصصی جاسوسی می‌گوید این‌ها جاسوس نیستند، اما سازمان دیگری این‌ها را متهم به جاسوسی می‌کند. این دوگانگی در کشور بد است. این حاکمیت دوگانه باید روزی حل شود»
رویداد۲۴ مطهری درباره اقداماتی که مجلس انجام داده از سؤالی از وزیر دادگستری که هرگز به صحن نرسید می‌گوید. او می‌گوید که از پاسخ وزیر در کمیسیون قانع نشدیم و سؤال در نوبت صحن قرار گرفت، اما «گفتند که، چون دادگاه در حال بررسی است باید صبر کرد تا ببینیم چطور می‌شود».
علی مطهری می‌گوید: «باید راهی باشد که این‌ها به مجلس پاسخ‌گو باشند. نباید این‌طور باشد که وزارت اطلاعات به مجلس پاسخ‌گوست، اما سازمان اطلاعات پاسخ‌گو نیست. اخیرا شکایت از محمدرضا خاتمی بابت موضوعی که در گفت‌وگویی مطرح کرده بود، از سوی اطلاعات سپاه انجام شده است. چه ربطی به این‌ها دارد؟».
مطهری تأکید می‌کند که باید چارچوب و ظایف و اختیارات مشخص شود: «حتی اگر تغییر قانون اساسی نیاز است، باید انجام شود تا در نهایت این مشکل حل شود».