اصلی‌ترین نکته‌های مورد نظر امام، در مورد جلوگیری از خرج‌تراشی توسط نهاد‌های وابسته به حوزه علمیه، یکی حفاظت از استقلال روحانیت بود و دیگری مصون نگهداشتن روحانیت از تشریفات. با رعایت این دو نکته است که حوزه‌های علمیه می‌توانند اسلام و تحصیل را اساس کار خود قرار دهند و مانع کاهش معنویت شوند. با از دست رفتن این امتیازات، حوزه‌های علمیه و روحانیت، از مردم فاصله می‌گیرند، جایگاه خود را از دست می‌دهند و به موجودیتی وابسته به حاکمیت و قدرت سیاسی تبدیل می‌شوند که بدترین سرنوشت است. باید اعتراف کنیم که برخلاف توصیه‌های امام خمینی، حوزه‌های علمیه گرفتار تشریفات، ازدیاد ساختمان‌ها، دریافت بودجه از حاکمیت و دولت و درنهایت وابسته شدن به قدرت سیاسی و فاصله گرفتن از مردم شده‌اند.
رویداد۲۴حجت الاسلام و المسلمین مسیح مهاجری در سرمقاله روزنامه جمهوری اسلامی نوشت: در بهار ۱۳۶۶ نامه‌هائی میان شورای مدیریت حوزه علمیه قم و امام خمینی و فرزندشان حاج‌احمدآقا مبادله شد که دقت در محتوای مختصر، اما بسیار شفاف پاسخ‌های امام، می‌تواند به شناخت سیره امام در رفتار با بیت‌المال و همینطور چگونه زندگی کردن به‌ویژه زندگی مسئولین و روحانیت کمک زیادی کند و درس ساده‌زیستی به همه بیاموزد.
ماجرا از درخواست شورای مدیریت حوزه علمیه قم از امام خمینی برای کمک مالی به این شورا جهت پیشبرد امور شروع شد که گویا قبلاً به صورت حضوری با امام خمینی صحبت شده و امام قول مساعد داده بودند و قرار بود موضوع از طریق احمدآقا دنبال شود. اعضاء شورا نامه‌ای به امام می‌نویسند و احمدآقا نامه را به امام می‌دهد و، چون در نامه تقاضای مبلغی بیش از تصور امام شده بود و اضافه شده بود که در صورت عدم پرداخت پول از طرف شخص امام، از بنیاد مستضعفان به آن‌ها کمک گردد، امام فرمودند: چنین کاری را انجام نمی‌دهند و از طرف امام چیزی به بنیاد گفته نشود. این نکته را هم امام اضافه کرده بودند که «هرچه پول و ساختمان زیاد گردد، دروس و معنویت کم می‌شود». وقتی این درخواست تکرار شد، احمدآقا که راوی این نامه‌نگاری‌هاست و متهم به عدم تمایل برای انجام گرفتن چنین کمکی از طرف امام به شورای مدیریت شده بود، در نامه‌ای که به امام می‌نویسد، ضمن آوردن سوابق ماجرا و نقطه‌نظر‌های امام، این نکته را هم از قول امام قید می‌کند که شما فرمودید: «من خیال می‌کردم آقایان پنجاه هزارتومان احتیاج دارند.» درنهایت، امام در پاسخ به این نامه فرزندشان می‌نویسند: نظر من همانست که قبلاً کراراً گفته‌ام. من با این تشریفات مخالفم و برای حوزه علمیه مضر می‌دانم. اساس، اسلام و تحصیل است که با این نحو زیاده‌روی‌ها منافی است و من از بعض آقایان تعجب می‌کنم که تو را زیرسؤال بردند. (صحیفه امام، جلد ۲۰، صفحات ۲۷۷ و ۲۷۸)
بیشتر بخوانید: بر اساس قانون اساسی هیچکس مجرم نیست مگر اینکه جرم او در دادگاه صالح ثابت شود
نکته محوری و بسیار مهم در این تبادلات نامه‌ای اینست که امام خمینی با تشریفات بطور مطلق و تشریفات برای حوزه علمیه بطور خاص مخالفت می‌کنند و آنرا مضر می‌دانند. دلیل این مخالفت را هم با صراحت اعلام می‌کنند و چند بار یادآور می‌شوند که اساس، اسلام و تحصیل است که با زیاده‌روی‌ها منافات دارد. هرچه پول و ساختمان زیاد شود، دروس و معنویت کم می‌شود.
مخالفت امام خمینی با استفاده از اموال بنیاد مستضعفان توسط شورای مدیریت نیز نکته مهمی است که در این تبادلات نامه‌ای مورد تأکید قرار گرفته است. روشن است که اموال بنیاد مستضعفان متعلق به اقشار محروم و مستضعف است و نباید صرف امور دیگر شود.
اصلی‌ترین نکته‌های مورد نظر امام، در مورد جلوگیری از خرج‌تراشی توسط نهاد‌های وابسته به حوزه علمیه، یکی حفاظت از استقلال روحانیت بود و دیگری مصون نگهداشتن روحانیت از تشریفات. با رعایت این دو نکته است که حوزه‌های علمیه می‌توانند اسلام و تحصیل را اساس کار خود قرار دهند و مانع کاهش معنویت شوند. با از دست رفتن این امتیازات، حوزه‌های علمیه و روحانیت، از مردم فاصله می‌گیرند، جایگاه خود را از دست می‌دهند و به موجودیتی وابسته به حاکمیت و قدرت سیاسی تبدیل می‌شوند که بدترین سرنوشت است.
امروز، با گذشت ۳۳ سال از این توصیه تاریخی امام به شورای مدیریت حوزه علمیه قم که در واقع توصیه به تمام افراد روحانی و نهاد‌های حوزوی است، متأسفانه فاصله زیادی از باید‌ها گرفته‌ایم بطوری که گوئی امام خمینی اصولاً چنین توصیه‌هائی نفرموده بودند و روحانیت و حوزه‌های علمیه قرار نبود سیره عملی سلف صالح را دنبال کند و به حفاظت از استقلال و بالا بردن نفوذ معنوی خود اهتمام ورزد. اکنون باید اعتراف کنیم که برخلاف توصیه‌های امام خمینی، حوزه‌های علمیه گرفتار تشریفات، ازدیاد ساختمان‌ها، دریافت بودجه از حاکمیت و دولت و درنهایت وابسته شدن به قدرت سیاسی و فاصله گرفتن از مردم شده‌اند. شوربختانه حتی به خود امام هم رحم نکرده‌ایم و برای او که رنگ‌آمیزی حسینیه ساده و کوچک جماران را نیز ولخرجی می‌دانست، چنان برج و بارو و گنبد و بارگاه تشریفاتی و پرزرق و برقی ساخته‌ایم که مطمئناً اگر می‌توانست جسم خود را برمی‌داشت و از آنجا دور می‌شد، روحش که قطعاً از آنجا هزاران فرسنگ فاصله دارد. امام خمینی این را عدالت نمی‌داند که برای مقبره او و برای ساخت‌وساز‌ها و تشریفات حوزه‌های علمیه و روحانیت آنهمه هزینه شود درحالی که هنوز در این کشور میلیون‌ها خانواده، زیر خط فقر قرار دارند.
در سی و یکمین سالگرد رحلت بنیانگزار نظام جمهوری اسلامی، حال که به دلیل شیوع ویروس کرونا مراسم تشریفاتی سالگرد برگزار نمی‌شود، به مکتب امام خمینی بازگردیم که مکتب عدالتخواهی و مردم‌داری است.