از بازی معروف استقلال و سایپا در سال 1378 که باعث اخراج ناصر حجازی از هدایت تیم استقلال شد تا سالیان بعد که ستاره های سرشناس و پر تعداد استقلال مثل فرهاد مجیدی، جواد نکونام، آندرانیک تیموریان، مهدی رحمتی، مهدی امیرآبادی و... با سرمربی وقت این تیم یعنی امیر قلعه نویی دچار اختلافات ریز و درشت شدند و یکی پس از دیگری از استقلال جدا شدند، این اختلافات و درگیری ها به صورت پیدا و پنهان وجود داشته است.
با این حال شاید یکی از اختلافاتی که استقلال بابت آن بسیار ضرر کرد، ماجرای جدایی مجتبی جباری از جمع آبی ها بود.شاید اگر جباری در آن فصل مجتبی به بازی در استقلال ادامه می داد، این تیم می توانست به ستاره سوم دست پیدا کند. فرصتی که بخاطر اختلافاتی شخصی از دست رفت.
یا دیگر اختلافی که می توانست در خود باشگاه و به صورت خصوصی حل شود اما سر از برنامه 90 درآورد، ماجرای مربوط به فصل دوم مربیگری علیرضا منصوریان در تیم استقلال بود که در نهایت و به شکلی تامل برانگیز،باعث شد تا سرمربی و کاپیتان وقت استقلال در مقابل هم قرار بگیرند و منصوریان هم در نهایت قربانی این داستان تلخ شد.
داستانی که در این فصل هم برای وریا غفوری به عنوان کاپیتان استقلال رخ داد و او بارها علیه مدیرانی چون علی خطیر و اسماعیل خلیل زاده موضع گرفت و با آن ها وارد جدل در فضای شد.