او فعالیت هنری خود را از سال ۱۳۷۳ در مرکز آموزش فیلم‌سازی اداره ارشاد کرج آغاز کرد و از سال ۱۳۷۶ همزمان با تحصیل در رشته فیلم‌سازی در دانشگاه به عنوان دستیار کارگردان در مجموعه‌های تلویزیونی و سینمایی مشغول به کار شد.
بیشتر بخوانید: دستمزد نجومی مهران مدیری و رشیدپور لو رفت + تصاویر
مصطفی کیایی در گفتگویی که در ۲ دی ماه ۹۶ با فریدون جیرانی داشت در برنامه زنده سی و پنج از بسیاری از بخش‌های زندگی خود صحبت داشت و در رابطه با فیلم‌ها و سریال‌هایی که ساخته صحبت کرد. او پس از اتمام دوران تحصیل در سال ۸۱ به عنوان نویسنده، کارگردان و تدوین‌گر در برنامه‌های تلویزیونی فعالیت خود را ادامه داد و در این مدت برنامه‌های زیادی را برای شبکه‌های مختلف تلویزیونی ساخت.
مصطفی کیایی در سال ۱۳۸۶ درخواست پروانه ساخت فیلم بعدازظهر سگی سگی را به اداره نظارت و ارزشیابی وزارت ارشاد ارسال نمود، اما موفق به اخذ پروانه ساخت نگردید و با تعویض تهیه‌کننده در سال ۱۳۸۸ پروانه ساخت فیلم بعد از ظهر سگی سگی را به تهیه‌کنندگی جوزان فیلم اخذ نمود و اولین فیلم بلند سینمایی خود را جلوی دوربین برد. وی از برادر خود محسن کیایی در بیشتر فیلم‌هایش استفاده می‌کند. مصطفی کیایی در سال ۱۳۹۸ اولین سریالش را با نام هم‌گناه کارگردانی کرد که نویسندگی آن برعهده محسن کیایی و علی کوچکی بود.