انتخابات مجلس 90 و انتخابات ریاست‌جمهوری سال 92، بهانه‌ای بود که یک اختلاف نظر معمولی بین آیت‌الله مصباح یزدی و آیت‌لله مهدوی‌کنی درباره مصادیق گزینه‌‌های اصلح، به سوژه رسانه‌های ضدانقلاب خارجی و برخی مخالفین داخلی تبدیل شود. این رسانه‌ها یک اختلاف روش بین 2 فقیه برجسته را شکاف بزرگ در جبهه انقلابیون توصیف می‌کردند. برخی‌ها می‌گفتند این همان قالب کردن «آرزو به جای خبر» است.
اما پاسخ آیت‌الله مصباح یزدی به ادعای مطروحه درباره آنچه اختلاف او با آیت‌الله مهدوی‌کنی توصیف می‌شد، چیست؟ برای رسیدن به این پاسخ با سفر به قم و حضور در مؤسسه آموزشی و پژوهشی امام خمینی(ره) از علامه مصباح یزدی درباره چرایی یکسان نبودن نظرش با آیت‌الله مهدوی‌کنی در برخی مسائل سیاسی همچون مصادیق اصلح در انتخابات 90 و 92 سؤال کردیم. وی در پاسخ گفت: نفس اختلاف‌نظر بین انسان‌ها طبیعی و حتی مفید است. قرار نیست درباره روش‌های پیشبرد اهداف انقلاب اسلامی همه ما مثل هم فکر کنیم و هرکس یک روش را انتخاب کند و دیگران هم بگویند فقط آن روش صحیح است.
وی با بیان اینکه همه از اردات و علاقه خاص حقیر به آیت‌الله مهدوی‌کنی مطلع بوده و هستند، گفت: حقیر با آیت‌الله مهدوی‌کنی سال‌ها در مدرسه حجتیه همسایه بودیم و سال‌ها در دوران طلبگی باهم دوستی داشتیم؛ خدا می‌داند و شاهد است که حقیر، آیت‌الله مهدوی‌کنی را همانند چشمانم دوست داشتم و به ایشان اردت قلبی داشتم منتهی برای داشتن چنین علاقه‌ای نیاز و لزومی نبود که ایشان همانند من فکر کند و نظر من را تکرار کند اصلاً اینطوری نیست و نباید باشد.
آیت‌الله مصباح یزدی، آیت‌الله مهدوی‌کنی را یار و همراهی صدیق و ولایتمدار برای امام راحل و مقام معظم رهبری توصیف کرد و گفت: آیت‌الله مهدوی از بزرگان انقلاب و یاران وفادار به امام راحل بود که وفاداریشان به مقام مظعم رهبری تا آخر عمر مبارکشان ادامه داشت.