متن پیام حجت‌الاسلام والمسلمین حسن روحانی به این شرح است:
بسم‌الله الرحمن الرحیم
انا لله و انا الیه راجعون
درگذشت مرحوم حجت‌الاسلام والمسلمین حاج شیخ جعفر شجونی موجب تأثر و تألم خاطر گردید.
اینجانب ضایعه درگذشت ایشان را که از پیشکسوتان مبارزه با استبداد ستمشاهی و از همراهان نهضت اسلامی بود تسلیت می‌گویم و از درگاه ایزد منان برای آن مرحوم رحمت واسعه الهی و برای عموم بازماندگان صبر و اجر مسألت دارم.
حسن روحانی
رییس جمهوری اسلامی ایران