علی مطهری در پاسخ به این سوال که کدامیک از نهادهای بنیادین جمهوری اسلامی در این سی و هفت سال به طور کامل در جایگاه تعریف شده خود قرار نگرفته است، گفت: هم ریاست‌جمهوری، هم مجلس خبرگان در حد خودشان نیستند. البته مجلس هم فراز و نشیب‌های زیادی داشته است و گاهی در حد خودش نبوده است.
نماینده مردم تهران درباره انتقادها به صراحت گفتارش در جایگاه نایب رئیسی مجلس شورای اسلامی گفت: فکر می‌کنم جایگاه سیاسی-اجتماعی افراد نباید تاثیری در مواضع‌شان داشته باشد. اگر حرفی حق است باید گفته شود؛ چه نماینده معمولی باشیم چه نایب رئیس مجلس یا وزیر. حرفی که باید گفته شود را باید حتما بگوییم و گرنه به وظیفه خود عمل نکردیم.
نایب رئیس مجلس شورای اسلامی در مورد به خطر افتادن جایگاه نایب رئیسی‌اش در دوره بعد انتخابات هیات رییسه مجلس بخاطر انتقاداتی که این روزها نسبت به برخی مواضعش مطرح است، گفت: اگر مواضعم موجب شود برای نایب رئیسی رای نیاورم چیز مهمی نیست چرا که جایگاه نائب رئیسی برای من مهم نیست، برای من مهم بیان کردن حرف حق و درست است.