بعد از حوادث انتخابات ریاست جمهوری سال 88 و آن خطبه معروف هاشمی در نماز جمعه تهران، آیت‌الله دیگر در نماز جمعه تهران شرکت نکرد. بعد از آن نماز جمعه معروف همانطور که هاشمی روایت کرده است چند بار از او برای حضور دعوت کرده بودند که خودش نپذیرفته بود و بعد از آن هم دیگر از هاشمی برای حضور در نماز جمعه دعوت به عمل نیامد.
بسیاری از مردم انتظار داشتند هاشمی بازهم به نماز جمعه برگردد اما هاشمی بر این باور بود که حضور او در نماز جمعه می‌تواند حاشیه‌های فراوانی داشته باشد.
مرحوم هاشمی در مورد بازگشت به نمازجمعه گفته بود: «انگیزه ندارم که (به نمازجمعه) بیایم. اصولا انگیزه سخنرانی و گفتن را ندارم. نمازجمعه هم جایی است که باید خیلی کار کنیم که حرف‌های درست و پخته‌ای بزنیم. مستقیم پخش می‌شود و همه دنیا نگاه می‌کنند. زیبنده نیست آدم این‌طوری حرف‌هایی بزند نماز و جماعت و اسلام و همه اینها را سبک کند.» او در گفت‌وگویی دیگری تاکید کرده بود که «من حرف‌هایم را در همان نمازجمعه 26 تیر 88 گفتم و هنوز هم به آنها معتقدم.»
محمد هاشمی برادر آیت‌الله نیز در گفت‌وگویی دلیل عدم حضور هاشمی در نماز جمعه تهران را اینگونه روایت کرده بود:« ایشان به خاطر اینکه حرمت نماز جمعه به خاطر شعارهای عده‌ای در صورت حضور آیت‌الله هاشمی شکسته خواهد شد در نماز جمعه شرکت نمی‌کنند. تنها هدف افراطی‌ها تخریب هاشمی است و برای آنها مهم نیست که در چه مکان یا زمانی به او توهین می‌کنند، به‌خاطر همین آیت‌الله برای از بین نرفتن جایگاه و قداست نماز جمعه، خطبه نمی‌خوانند.»
جدا از عدم دعوت ستاد نماز جمعه از هاشمی، خود آیت‌الله نیز برای حفظ جایگاه نماز جمعه و دوری از توهین به این جایگاه مقدس از حضور در نماز جمعه امتناع کرد. او حتی در نماز روز قدس که خود سال‌ها آن را اقامه می‌کرد شرکت نکرد و احمد خاتمی جای او را گرفت.
بعد از انتخابات مجلس دهم و مجلس خبرگان که لیست‌های مورد حمایت هاشمی توانست پارلمان و مجلس خبرگان را رفع کنند، بسیاری بر این باور بودند که با توجه به رای مردم دیگر زمان آن است که هاشمی به نماز جمعه برگردد. درخواستی که هم از سوی هاشمی و هم از سوی ستاد نماز جمعه بی پاسخ ماند.
حالا بعد از درگذشت هاشمی رفسنجانی باید گفت که بعد از سال 88، خطبه نماز جمعه هاشمی بر دل طرفداران او ماند. دیگر تهران شاهد خطبه‌های هاشمی نخواهد بود. خطبه‌هایی که همیشه تیتر اصلی رسانه‌های ایران و جهان بود.