پیش‌تر نعمت‌زاده، وزیر صنعت و معدن در حاشیه هیئت دولت زمانی که با پرسشی در همین رابطه مواجه شد، گفت «محتوای نامه توکلی دروغ است و او باید دراین‌باره توضیح دهد».
نامه توکلی که خطاب به جهانگیری، معاون اول رئیس‌جمهور نوشته شده بود، واکنش بیشتر نعمت‌زاده را برانگیخت: «من قبلا از ایشان شکایت کرده‌ام و دادگاه نیز به او گفته است صحبت‌هایشان را تمام کنند اما متأسفانه ایشان گاهی از این حرف‌ها می‌زنند».
بااین‌حال نجفی‌منش مفصل‌تر به این نامه پاسخ داده است. او در ادامه نامه خود توکلی را خطاب قرار داده و گفته است: شایسته است چنانچه اسناد و مدارک متقن برای این ادعاها وجود دارد، به مراجع قضائی ارائه شود تا با جلوگیری از گردوخاک‌کردن و غوغاسازی و یک‌طرفه به قاضی رفتن و طرح اتهام علیه فردی که عمر خود را برای تولید و صنعت ایران صرف کرده است و همه می‌دانند که از ارث پدری به‌جامانده خویش قبل از انقلاب برای نهضت اسلامی انقلاب و نظام مکرر هزینه کرده است و در این دوره مسئولیت نیز کماکان روز‌های تعطیل رسمی را در سفرهای استانی و بازدید از کارخانجات و صنایع و بررسی مشکلات آنها گذرانده، جانب انصاف رعایت گردد.
رئیس کمیسیون تسهیل کسب‌وکار اتاق بازرگانی، صنایع، معادن و کشاورزی تهران توضیحات خود را با ذکر سابقه‌ای از وزیر صنعت ادامه داده است: آقای مهندس نعمت‌زاده که کارمند رسمی نهاد ریاست‌جمهوری بوده‌اند، بعد از گذشت بیش از ٣٠ سال خدمت صادقانه بازنشسته می‌گردند. با توجه به سوابق کاری و مدیریتی و تخصص ویژه ایشان شرکت‌های مختلف به منظور استفاده از این تخصص و تجربه با یکدیگر مسابقه می‌گذارند و ایشان نیز برای کمک به رشد و تعالی صنعت کشور به بعضی از این درخواست‌ها پاسخ مثبت داده و به‌عنوان عضو هیئت‌مدیره در برخی از آنها انتخاب و مشغول به کار می‌گردند. این عمل، با توجه به وضعیت بازنشستگی ایشان هیچ‌گونه مغایرتی با قوانین نداشته است.
پس از شروع به‌کار دولت یازدهم و با عنایت به دعوت ریاست محترم جمهور، جناب آقای دکتر حسن روحانی در مرداد ماه سال ١٣٩٢ برای پذیرش مسئولیت وزارت صنعت، معدن و تجارت، بلافاصله قبل از اخذ رأی اعتماد از مجلس شورای اسلامی، برای احترام به قوانین مرتبط و سوابق دوران مدیریت ٣٠ساله از همگی شرکت‌ها در مردادماه سال ١٣٩٢ استعفا داده و مکاتبات مرتبط با این استعفا را به کلیه شرکت‌ها ارائه نموده‌اند. همان‌گونه که مستحضرید، مدیران شرکت‌ها به استناد ماده ١٠٨ قانون تجارت توسط مجمع عمومی مؤسس یا عادی انتخاب می‌شوند و استعفایشان می‌بایست در مجامع عمومی شرکت‌ها مطرح و متعاقبا فرد جایگزین انتخاب و معرفی گردد، از طرفی برگزاری مجمع عمومی شرکت‌ها دارای سازوکار قانونی و زمانی مشخصی می‌باشد که هریک از شرکت‌ها ملزم به رعایت هستند. از جمله می‌توان به مواد ٩٧ الی ١٠٤ قانون تجارت درخصوص الزام به نشر آگهی در روزنامه کثیرالانتشار، رعایت فواصل تعیین‌شده بین نشر دعوت‌نامه مجمع عمومی و تاریخ تشکیل آن و رعایت حد نصاب‌های حاضرین اشاره نمود و پس از طی مراحل قانونی برگزاری مجمع و در نهایت تصمیم‌گیری در آنها و مشخص‌نمودن مدیران جدید به استناد ماده ١٠٦ قانون تجارت یک نسخه از صورت‌جلسه مجمع و هیئت‌مدیره جهت ثبت به مرجع ثبت شرکت‌ها ارسال می‌گردد. ثبت شرکت‌ها نیز با اخذ کلیه مدارک لازم، ثبت تغییرات را طی آگهی به روزنامه رسمی اعلام و بعد از مدتی در روزنامه رسمی به چاپ می‌رسد. با توجه به استعفاهای جناب آقای نعمت‌زاده از مدیریت در شرکت‌های مذکور و عنایت به این موضوع که انتخاب جایگزین در اختیار ایشان نبوده و نیست تأیید می‌نمایید که برای انتخاب نفر جایگزین و طی مراحل قانونی مدت زمانی می‌بایست جهت ثبت در روزنامه رسمی طی گردد که این موضوع از ید و اراده ایشان به‌عنوان فرد مستعفی از مدیریت شرکت‌ها خارج می‌باشد و هیچ‌گونه حضور و فعالیتی از تاریخ استعفا در این شرکت‌ها نداشته‌اند و هیچ‌گونه حقوق و مزایایی نیز دریافت ننموده‌اند.
در این بخش نجفی‌منش استدلال توکلی را خلاف نص صریح قانون تجارت دانسته و گفته است: آقای توکلی مدعی هستند که اشتغال ایشان تا تاریخ درج آگهی ادامه داشته و برخلاف قانون عمل گردیده است که این استدلال برخلاف نص ماده ١١٢ قانون تجارت بوده و فاقد اعتبار است زیرا برابر ماده ١١٢ قانون تجارت در صورتی‌که بر اثر فوت یا استعفا یا سلب شرایط از یک یا چند نفر از مدیران تعداد اعضای هیئت‌مدیره از حداقل مقرر در این قانون کمتر شود اعضای علی‌البدل به ترتیب مقرر در اساسنامه، توسط مجمع عمومی جای آنان را خواهند گرفت و درصورتی‌که عضو علی‌البدل تعیین نشده باشد و یا تعداد اعضای علی‌البدل کافی برای تصدی مسئولیت‌های خالی در هیئت‌مدیره نباشند مدیران باقی‌مانده باید بلافاصله مجمع عمومی عادی شرکت را جهت تکمیل اعضای هیئت‌مدیره دعوت نمایند. قانون‌گذار در این ماده سه مورد فوت، استعفا و سلب‌شرایط را به صورت یکسان دیده و با تحقق هر یک از آنها مدت سمت مدیر متوفی، مستعفی و سلب شرایط‌شده را پایان‌یافته تلقی می‌نماید، لذا با ارائه استعفای جناب آقای مهندس نعمت‌زاده، عملا مسئولیت ایشان به استناد ماده ١١٢ قانون تجارت خاتمه یافته و فاصله انتشار در روزنامه رسمی دلیل مسئولیت ایشان در شرکت نیست. البته تا این تاریخ مستندی نیز در راستای اثبات ادعا مبنی بر تصدی انجام امور مدیریتی در شرکت‌های فوق، شرکت در جلسات هیئت‌مدیره، امضای اسناد و قراردادها، دریافت حقوق و... ارائه نشده است که این امر نیز احتمالا به دلیل عدم وجود مستند بوده است.
قابل ذکر است که حسب اعلام مراتب به دادسرای کارکنان دولت، موضوع در
دادسرا بررسی و نهایتا پس از بررسی سوابق و مدارک قرار منع تعقیب برای جناب
آقای مهندس نعمت‌زاده در این باب صادر شد، بنابراین طرح مجدد موضوعی که
دارای رأی قطعی از مرجع قضائی است، فاقد وجاهت قانونی و دقیقا از مصادیق
افترا و تشویش اذهان عمومی است.