بقایی یک ماه پس از ارتقای مقام به معاون اجرائی از سوی دیوان عدالت اداری، به علت ارتکاب «برخی تخلفات» در سمت ریاست سازمان گردشگری، به مدت چهار سال از هرگونه خدمت دولتی محروم شد. اما پس از مدتی این حکم از سوی قضات دیوان نقض و مجددا به دادگاه تجدید نظر ارجاع شد. مرحله تجدیدنظرخواهی که طولانی شد، از حجت‌الاسلام محمدجعفر منتظری رئیس دیوان عدالت اداری درباره علتش سؤال کردند. او در پاسخ گفت: «آقایان در این مرحله از بند «پ» (کنایه از پارتی‌بازی) استفاده کردند». مدتی بعد خبرنگاری در حاشیه سفرش به نیویورک از او پرسید که رئیس دیوان عدالت اداری شما را متهم به استفاده از بند «پ» در پرونده‌تان کرده است، چه توضیحی دارید؟ او گفت: «هر جای قانون دیوان عدالت اداری را که گشتیم، چیزی به نام بند (پ) پیدا نکردیم بنابراین ایشان توضیح دهند منظورشان از بند (پ) چیست تا من بررسی کرده و پاسخ آن را بدهم؛ چراکه ایشان طوری صحبت کرده‌اند که ما واقعا فکر کردیم بند (پ) یک ماده قانونی است». دقایقی بعد از انتشار این مصاحبه رئیس دیوان عدالت اداری در پاسخ به اظهارات بقایی، گفت: «حالاحالاها باید بگردید تا بند «پ» را پیدا کنید. در آینده نزدیک و در مدت کوتاهی نتیجه اعلام خواهد شد. ما همیشه به دولتمردان توصیه می‌کنیم به مردم وعده‌ای ندهند که نتوانند به آن عمل کنند؛ پس خودمان هم باید این‌گونه باشیم. من هم نمی‌توانم زمان دقیق اعلام کنم اما شعبه موردنظر در حال رسیدگی است و سعی می‌کنیم در اولین فرصت اطلاع‌رسانی کنیم». سرانجام و پس از گذشت یک‌سال‌و چند ماه از تجدیدنظرخواهی حمید بقایی نسبت به حکم محکومیتش، رئیس دیوان عدالت اداری گفت که پرونده ایشان نهایی و حکم صادر شد. محکومیت انفصال ایشان منتفی شده است. برائت ایشان هم منتفی شده است.
ماجرای رولزرویس
بقایی در زمانی که رئیس سازمان
میراث فرهنگی بود، مدعی شده بود که چمدان حاوی اسناد محرمانه جنگ جهانی دوم
و برخی نامه‌نگاری‌های وزارت خارجه مربوط به قبل از انقلاب در خودروی
رولزرویس شاه مخلوع پیدا شده است. اما یکی، دو ماه بعد، علیرضا مقیمی
مدیرعامل منطقه آزاد ارس و مدیر سابق کاخ موزه نیاوران چند روز بعد از
دستگیری گفت شایعه کشف اسناد از کیف شاه در کاخ نیاوران با طراحی حمید
بقایی برای انحراف افکار عمومی از سخنان جنجالی وی درباره ترکیه صورت گرفته
بود.
ماجراهای بقایی به همین‌جا ختم نمی‌شد و یکی از جنجالی‌ترین تصمیمات هیئت دولت محمود احمدی‌نژاد، حدود هشت ماه به پایان دوره ریاست‌جمهوری، به او واگذار شد. طبق مصوبه‌ای که به «طرح مهرآفرین» مشهور شد، مجوز استخدام هزارو ۵۰۰ نفر به بقایی، معاون وقت اجرائی رئیس‌جمهور واگذار شد. محمدرضا خباز، عضو هیئت تطبیق مصوبات دولت با قوانین، این مصوبه دولت احمدی‌نژاد را «نماد کودتای اداری» خوانده و گفته بود: «این مصوبه یکپارچه مغایر قانون است. بهتر بود دولت به جای این مصوبه طولانی، یک خط قانون تصویب می‌کرد و می‌نوشت همه دستگاه‌های اجرائی و نظارتی مانند مجلس تعطیل و اختیارات به آقای بقایی واگذار شود، زیرا در بسیاری از بندهای این مصوبه گفته شده است که همه قوانین قبلی و هرگونه ممنوعیت لغو می‌شود و مجوز استخدام بدون درنظرداشتن موقعیت‌ها اعطا خواهد شد».
احتمالش ضعیف است که رابطه بقایی و احمدی‌نژاد تضعیف شده و یار همواره، بدون رایزنی رئیس سابق وارد گود انتخابات شده باشد. بعید نیست که رئیس دولت مهرورز، در اقدامی عجیب یا جدید در ماه‌های آتی تصمیم تغییرناپذیر خود را تغییر دهد. او که خود از ورود به بازی انتخابات منع شده، ممکن است برای برهم‌زدن بازی اصولگرایان وارد عرصه شود تا «از حقانیت جناب آقای بقایی تا آخر دفاع کند».