اين پرونده كه با جريان شكايت نماينده تهران و در مسير قضايي به دو بخش «ضاربان» و «آمران» تقسيم شده بود، پس از به نتيجه رسيدن در بخش اول و صدور حكم براي «عاملان» با شكايت ديگر مطهري از دستوردهندگان اين حادثه، همچنان مفتوح ماند تا آن هم ماجرايي طولاني براي رسيدن به دادگاه نظامي را از سر بگذراند.
اما اين شكايت در ميانه راه با اختلاف‌نظر «دادسراي نظامي» و «دادسراي عمومي و انقلاب» روبه‌رو شد تا پاي ديوان‌عالي كشور نيز به اين پرونده باز شود.
اگرچه شكايت از آمران حمله به علي مطهري از بهمن ماه سال گذشته در دادسراي نظامي شيراز مطرح شده بود، اما پس از گذشت چند ماه از رسيدگي به آن، به استناد ماده ٣١١ قانون آيين دادرسي كيفري اعلام شد كه دادسراي نظامي صلاحيت رسيدگي به اين دعوي را ندارد.
تنها دليلي هم كه براي اين قرار اعلام مي‌شد، اين بود كه اگرچه همه متهمان، «نظامي» هستند اما چون قبل از اين اتهامات ضاربين كه آنان نيز نظامي بودند، در دادگاه عمومي رسيدگي و منجر به صدور حكم شده بود، پس اتهامات آمران نيز در همان دادگاه بايد رسيدگي شود.
با ارجاع پرونده به دادسراي عمومي و انقلاب، نظر آن مرجع نيز همچون دادسراي نظامي بود. بازپرس دادسراي عمومي به دليل آنكه جرايم ارتكابي در حوزه وظايف خاص نظاميان بوده، اين مرجع را شايسته صلاحيت رسيدگي ندانسته، تا پرونده براي تعيين تكليف راهي ديوان عالي كشور شود.
نظر ديوان‌عالي كشور اما مبني بر صلاحيت دادسراي نظامي شيراز براي بررسي به پرونده شكايت از آمران بود. به اين دليل كه متهمان اين پرونده، همگي نظامي بودند و نظر ديوان بر اين بود كه اين پرونده بايد در دادسراي نظامي شيراز رسيدگي شود.
اكنون آمرين اين حمله مشخص هستند و تعداد آنان نيز بيش از ٥ نفر است و همچنان هم نماينده اصولگراي تهران مصر به ادامه شكايت است. اما هدف علي مطهري از به نتيجه رسيدن اين پرونده، زير سوال بردن دستگاه نظامي كشور و به‌ويژه استان فارس و شهر شيراز نيست، دليل اصلي او از رسيدگي به اين پرونده اين است كه در اين ماجرا افراد خاطي به طور خودسرانه تصميم به انجام كارهايي كرده و دستوراتي را صادر كردند كه براي ريشه‌كن كردن آن نياز است، پيگيري‌هاي لازم انجام شود تا از اقدامات مشابه جلوگيري كنيم.
با گذشت ماه‌ها از ارسال پرونده به دادسراي نظامي شيراز، وكيل مطهري از احضار آمران خبر داد و گفت: در حال حاضر براي آمران اين اتفاق احضاريه فرستاده شده است و منتظر هستيم كه اين افراد در بازپرسي حاضر شوند و اظهارات خود را بيان كنند.
وكيل علي مطهري اما از موضوع جديدي هم در اين پرونده خبر داد.مصطفي ترك‌همداني گفت: براي پيگيري اين پرونده به دادگاه نظامي شيراز مراجعه كردم كه متوجه شديم كساني كه قبلا اعتراف كرده بودند دستور داشتند مانع ورود مطهري به شيراز شوند، اظهارات خود را رد كردند. اين در حالي است كه در گزارش حفاظت اطلاعات دستگاه مربوط و نزد بازپرس ذكر شده است كه اين افراد اذعان كردند براي اين كار دستور داشته‌اند و بازپرس نيز ذيل اظهارات آنها را امضا كرده است و دليلي براي رد اظهارات سابق آنها نيست.