اوایل بهمن ماه نامه نعمت زاده به وزیر اقتصاد درباره توقف فعالیت سامانه مجوزهای گمرک از زیرمجموعه‌های پنجره تجارت فرامرزی در رسانه‌ها منتشر شد.
وزیر صنعت در این نامه از طیب نیا خواسته بود با توجه به راه اندازی سامانه جامع تجارت، گمرک مستقلا اقدام به دریافت مجوزهای مورد نظر برای ترخیص کالا ننماید و نیازهای اطلاعاتی خود را از زیر ساختهای سامانه جامع وزارت صنعت تامین کند.
مدتی بعد بخشهایی از نامه طیب نیا به وزیر صنعت در مورد حق قانونی گمرک در دریافت مستقل مجوزها مورد تاکید قرار گرفت و عملا واگذاری مد نظر نظر نعمت زاده تا کنون محقق نشده است.
حالا نعمت زاده دعوای سامانه ای را وارد فاز تازه ای کرده است و در نامه ای پنج صفحه ای به معاون اول رئیس جمهور انتقادهای مختلفی را نسبت به گمرک مطرح کرده است.