رویداد۲۴-حجت‌الاسلام سیدعلی خمینی پیش از ظهر امروز در خطبه‌های نماز جمعه این هفته تهران طی سخنانی درخصوص چهلمین سالگرد شهادت آیت‌الله سیدمصطفی خمینی گفت: شهادت آیت‌الله سیدمصطفی خمینی در هاله‌ای از ابهام است. وقتی پیکر ایشان را به بیمارستان نجف بردند، پزشک و رئیس بیمارستان گفتند ما آثاری بر پوست ایشان می‌بینیم که مسلما دال بر مسمومیت است و اگر اجازه بدهند کالبدشکافی کنیم اما وقتی این مسئله را به امام خبر می‌دهند، ایشان می‌گویند نمی‌خواهم پیکر فرزندم را پاره پاره کنم.
دلیل دستور امام برای عدم کالبد شکافی آیت‌الله سیدمصطفی خمینی چه بود؟
وی ادامه داد: ایشان گفتند پیکر حاج آقا مصطفی را به کربلا ببرید و کارهایش را انجام دهید و بیاورید در نجف مراسم تشییع را انجام دهید. یکی از ادله عدم کالبدشکافی از سوی امام این بود که اگر دولت عراق این موضوع را در دست می‌گرفت و موضوع شهادت را پیگیری می‌کرد، دولت عراق به بهانه این قتل برود و بیایید و برخی از اعضای بیت امام را دستگیر کند. به همین خاطر امام دستور به دفن پیکر حاج آقا مصطفی را می‌دهند.
یادگار امام در رابطه با جایگاه علمی و اجتهادی آیت‌الله سیدمصطفی خمینی اظهار داشت: ایشان کسی است که امام درباره‌شان گفتند حاج آقا مصطفی امید و آینده اسلام بود و مقام معظم رهبری گفتند آیت‌الله سیدمصطفی خمینی امید ما و خمینی آینده ایران بود. ایشان در طول عمر کوتاه خود ۵۰ جلد کتاب به رشته تحریر درآوردند که کتاب‌های تخصصی در علوم حوزوی بودند. بسیاری از این کتاب‌ها موجود و منتشر شده است.
سیدعلی خمینی افزود: من برخی از آثار ایشان را که نگاه کردم، حاج آقا مصطفی در غایت دقت و عمیق‌ترین شکل ممکن تخصصی‌ترین مسائل را مطرح کردند. ما این گونه این شخصیت در این سن و سال و با این مقدار از آثار را کمتر داریم. شخصیتی را از دست دادیم که می‌توانست آینده اسلام را تامین کند و امید اسلام باشد.
امام تزلزلی در برابر شهادت حاج آقا مصطفی از خود نشان نداد
وی با اشاره به نحوه رفتار امام با در مواجهه با این مصیبت نیز تصریح کرد: امام هیچ تزلزلی از خود در برابر این مصیبت نشان نداد. وقتی دشمنان نهضت منتظر پذیرش شکست از سوی امام و تضعیف روحیه ایشان بودند تا شکست و تضعیف روحیه امام موجب شود نهضت شکست بخورد، امام در هیچ جلسه‌ای که گرفته شد برای حاج آقا مصطفی و از دست دادن فرزندشان اشک نریختند تا جایی که برخی از نزدیکان ایشان برای امام احساس نگرانی کردند و گفتند داغ سنگین است و اگر گریه صورت بگیرد، بهتر است.
یادگار امام اضافه کرد: برای همین خاطر، مرحوم کوثری را آوردند. ایشان گفت من هرچه خواندم و روضه گفتم دیدم امام گریه نمی‌کند. من خودم برای مصیبت حاج آقا مصطفی گریه می‌کردم ولی امام محکم ایستادند. روضه علی اکبر را که خواندم، دیدم اشک امام جاری شد و شانه‌هایشان لرزید. اگر تزلزلی در امام ایجاد می‌شد، شاید در انقلاب تاثیر می‌گذاشت امام اجازه شاد شدن به دشمن را ندادند.
امام اجازه نداد نامی از حاج آقا مصطفی در طول جنگ در صداوسیما برده شود
سیدعلی خمینی با ذکر خاطره‌ای از همسر امام در رابطه با شهید آیت‌الله سیدمصطفی خمینی خاطرنشان کرد: امام اجازه ندادند در صداوسیما نامی از حاج آقا مصطفی برده و در ارگان‌های حکومتی جلسه‌ای برای ایشان برگزار شود. همسر مکرمه امام در سالگرد حاج آقا سیدمصطفی خمینی به امام گفتند بازهم اول آبان شد و تلویزیون نامی از مصطفی ما نبرد. امام در پاسخ به این مسئله گفتند اینها ظاهر است، دعا کنید آن دنیا جایش خوب باشد و پاک رفته باشد.