رویداد۲۴ آبان ۱۳۹۳، سرافراز جانشین ضرغامی در رسانه ملی شد؛ جایگاهی به شدت مهم و اثرگذار. رئیسان قبلی صدا و سیما، به جز نیرو‌های اول انقلاب مثل قطب زاده که اعدام شد، همگی سال‌ها در این مسئولیت باقی ماندند. از محمد هاشمی رفسنجانی تا لاریجانی و ضرغامی، اما داستان سرافراز متفاوت بود. چند ماه بعد از منصوب شدن او، شایعه پیچید که او از کار استعفا خواهد کرد.
سرافراز را در بدو ورود، مدیری می‌شناختند با اشتهار به پاکدستی. او دست به اصلاحات ساختاری زد و چند شبکه کم‌بیننده و ضررده را تعطیل کرد. در این راه حمایت‌هایی را نیز به همراه داشت. وحید اشتری دبیر سابق تشکیلات جنبش عدالتخواه دانشجویی درباره او نوشته بود «سرافراز تنها مدیر سازمان بود که برنامه جدی برای اصلاحات ساختاری داشت. ریخت و پاش‌ها در راهرو‌های تنگ سازمان و سولاخ سمبه‌های فساد را از همه بهتر بلد بود. خیلی صریح و روشن از روز اول گفت برای چه چیزی آمده است. هم روشنفکر‌های سازمان علیه‌اش بودند، هم بخش‌هایی از () که انتخاب رئیس سازمان ارث پدری‌شان شده، هم دولت بنفش، هم نهادهای امنیتی، هم ... درافتادن اینچنینی با تمام لابی‌های قدرت و فساد تاوان دارد. هر آدم عاقلی می‌فهمد کدام ائتلاف سهمگین باعث شد مدیریت سرافراز به دو سال هم نرسد.»
مشکل سرافراز اما روزی آغاز شد که نامش با یک نام مشکوک گره خورد؛ «شهرزاد»! در واقع در همان ایامی که سرافراز از صدا و سیما استعفا کرد بود، «مرتضی شمسی» رئیس مرکز صبا که زمان سرافراز به این سمت منصوب شد، با نگارش مطلبی که برای اغلب مخاطبان مبهم بود، منشاء بحران‌های منتهی به برکناری سرافراز را کانالی تلگرامی به نام «شهرزاد» معرفی کرده که در این مدت اخبار و مطالبی محرمانه منتشر و بحران آفرینی کرده است.
شمسی درباره این کانال اینگونه نوشت: «کانال شهرزاد تأثیر بزرگی در بحران‌های سازمان داشت و این بحران‌ها حتماً توسط فردی قوی‌تر از متهم اصلی هدایت شده است. آن فرد یا گروه با این کانال همان کاری را با محمد سرافراز کرد که تیم شایعه‌ساز اشعث با قیس. سوالی که به نظر من خیلی مهم است این است که خوراک محتوایی این کانال چگونه تأمین می‌شد. چه کسی این اطلاعات را در اختیار متهم اصلی این پروژه قرار داد. یک فرد یا یک جمع چگونه به این اسناد دست پیدا می‌کند و آیا یک مدیر در سطح متهم می‌تواند تا حد به اخبار محرمانه دسترسی داشته باشد؟ اسنادی که برخی فوق محرمانه بوده و با قلب آن در سازمان بحران ایجاد کردند. هزینه این امر از کجا تأمین می‌شد و چرا برخی در تلاشند که متهم اصلی زودتر از زندان آزاد شود. آیا می‌توان این امر را یک تصمیم فردی دانست؟ آیا ممکن است فردی صرفاً برای عدم تمایل به سرافراز چنین هزینه هنگفتی را بدهد که به گفته برخی برای هر خبر یک سیم و یک تلفن همراه که امکان سرویس تلگرام را داشته باشد هزینه کند؟ (تا شناسایی نشود) حداقل درکش برای من مشکل است و احساسم این است که اشعث این ماجرا نمی‌تواند فرد بازداشتی باشد بلکه تأمین کننده سرمایه و منتقل کننده اخبار را باید کشف کرد و مورد بازخواست قرار داد.»
در همان ایام استعفا، سایت «گرداب» که گفته می‌شد ارگان رسمی «فرماندهی امنیت سایبری سپاه» است، اطلاعات جدیدی از دستگیری مدیران دو کانال تلگرامی منتشرکننده «اخبار به اصطلاح محرمانه و دارای طبقه بندی پیرامون مسائل داخلی سازمان صداوسیما» را روی خروجی خود قرار داد.
گرداب در گزارش خود، اوایل دی ماه سال ٩٤ را تاریخ «آغاز فعالیت دو کانال تلگرامی خاص» اعلام می‌کند؛ دو کانال تلگرامی با نام‌های «ساختمان شیشه‌ای» و «شهرزاد پرس نیوز» که به نوشته «گرداب» در فواصل زمانی نزدیک به هم آغاز به کار کردند.
کانال ساختمان شیشه‌ای توانست در مدت زمان اندکی تعداد زیادی از کارکنان سازمان صداوسیما را جذب و با انتشار اخبار کذب، آنها را تحت تاثیر اخبار خود قرار دهد. بررسی‌ها نشان می‌دهد که حدود ٥٠٠ نفر از کارکنان این سازمان (ازجمله در رده‌های مهم مدیریتی) عضو این کانال بوده‌اند. فعالیت این کانال‌ها پس از اعلام فرماندهی امنیت سایبری سپاه تعطیل شد و پیگیری‌های خبرنگار رویداد۲۴ برای دست پیدا کردن به آرشیو کانال‌های ذکر شده نیز بدون نتیجه ماند.
به گزارش رویداد۲۴ آذر ۸۳ مقامات آمریکا و اتریش اعلام می‌کنند دو ایرانی را به اتهام کوشش برای انتقال غیرقانونی هزاران قطعه تجهیزات «دید در شب» به ایران دستگیر کرده‌اند. آنگونه که اعلام شده بود محمود سیف و شهرزاد میرقلی خان اندکی پس از ورود برای تحویل گرفتن نخستین محموله در وین دستگیر شده‌اند.
رادیو آمریکا به نقل از مقام‌های اتریش ادعا کرد که این دو تن سعی داشتند بالغ بر ۳۰۰۰ دوربین، که روی کلاهخود نصب می‌شود و می‌تواند در تاریکترین شرایط به کار رود، خریداری کنند. شش سال بعد از آن، اخبار جدیدتری از شهرزاد میرقلی خان منتشر شد. میرقلی خان با پرس تی وی (که آن زمان زیرمجموعه معاونت بین الملل صدا و سیما تحت ریاست سرافراز بود) مصاحبه کرد و از شرایط بد نگهداری خود گلایه کرده بود.
فروردین سال ۹۰ محمود احمدی نژاد در نشست خبری رئیس دولت دهم، در پاسخ به سوالی درباره شهرزاد گفت: «نمایندگان ما در آمریکا به دنبال پیگیری این موضوع هستند و به لحاظ حقوقی حمایت‌های لازم را خواهند کرد. در رابطه با همه ایرانیان از جمله خانم میرقلی خان پیگیری‌های لازم را می‌کنیم تا با توجه به حقوقی که دارند آزاد شوند.»
در مرداد ۹۱ روزنامه تایمز آو عمان گزارش داد که دولت مسقط اعلام کرده شهرزاد میرقلی خان که به اتهام تلاش برای صدور تجهیزات نظامی به ایران در آمریکا زندانی شده بود، آزاد و روز سه‌شنبه به عمان وارد شد.
خبرگزاری رسمی عمان به نقل از سخنگوی وزارت امور خارجه عمان، از دولت آمریکا برای آزادی شهرزاد میرقلی خان «به دلایل بشردوستانه، پیرو تلاش‌های عمان» تشکر کرد.
شهرزاد میرقلی خان نیز در جمع اعضای خانواده‌اش در فرودگاه مسقط از سلطان بن قابوس برای میانجی‌گری برای آزادی‌اش از زندان آمریکا تشکر کرد.
اخبار زندانی شدن شهرزاد در رسانه‌های ایران بازتاب فراوانی داشت. اما سال‌ها بعد ظاهرا یک نهاد امنیتی به زندانی بودن شهرزاد در آمریکا شک کرده بود. محمد سرافراز در مصاحبه‌ای با شرق اینگونه گفته بود: «یکی از مدیران ارشد آن سازمان امنیتی آمد و گفت ما به ایشان ظن جاسوسی داریم. گفتم آیا مدرک و سندی دارید؟ حرف‌های پراکنده‌ای می‌زد؛ این که از نظر ما پنج سال در زندان نبوده است. گفتم شما که فرق سناریو و مدرک را می‌دانید چیست. سناریو یعنی شما چیزی را تصور می‌کنید و آن را تبدیل به گزارش می‌کنید. مدرک یعنی سند و اطلاعات دارید. گفتم من به شما کمک می‌کنم که زودتر به نتیجه برسید. این خانم کل پنج سال زندان را کتاب نوشته و اینکه در کدام ایالت و زندان بوده و هم‌بندی‌هایش چه کسانی بودند همه را نوشته و اسم برده است. گفتم شما به من بگویید فلان بخش از کتاب که نوشته اشتباه است و درستش را بگویید و بگویید در این خانه، در این شهر یا در این ایالت بوده، نه آنجایی که در کتاب آمده؛ اگر این را بگویید من قبول می‌کنم.»
شهرزاد بعد از حضور در ایران، به عنوان بازرس ویژه رئیس سازمان صدا و سیما منصوب می‌شود و آنطور که سرافراز می‌گوید مانع برخی ویژه‌خواری‌ها مثلا در پروژه نرم‌افزار پیام رسان سروش می‌شود «ایشان کسی بود که پنج سال در زندان‌های آمریکا بود، کتابش را هم به زبان انگلیسی نوشته بود. در شبکه پرس‌تی‌وی سه سال با موفقیت کار کرد. ماجرا از اینجا شروع شد که ایشان مواردی را درآورد که مثلاً یکی دیتاسنتر سازمان بود که ۵۰ میلیارد تومان خرج برداشته بود و بیش از یک سال قبل از مسئولیت من به عنوان رئیس سازمان، این پروژه مسکوت مانده بود. هدف از راه‌اندازی یک دیتاسنتر برای کشور بدون مصوبه دستگاه بالادستی و صرف هزینه‌های گزاف جای سوال داشت. گزارشی از IPTV سازمان تهیه کرد که تا آن زمان بیش از ۹ میلیون یورو هزینه برداشته بود ولی راه‌اندازی نشده بود و اکنون نمی‌دانم به چه سرنوشتی دچار شده است و پروژه‌ای به عنوان «پیام‌رسان سروش» بود که اشکالاتی داشت و برنامه‌نویسی درستی نشده بود و پول‌ها به نام این پروژه، به کارکنان یک شرکت ثالث پرداخت می‌شد! ما این گزارش‌ها را به آقای دکتر حسینی مدیر وقت بازرسی و حسابرسی سازمان و رئیس حراست سازمان دادیم که دقیق بررسی کنند. وقتی این گزارش‌ها در حال بررسی بود، از یک سازمان امنیتی با ایشان مستقیماً تماس گرفتند که برای سوال و جواب برود.»
هشتم بهمن ماه ١٣٩٤ برخی سایت‌های خبری مانند «خبرآنلاین»، از خروج «شهرزاد میرقلی خان» بازرس ویژه رئیس صداوسیما از کشور خبر دادند. سرافراز درباره شهرزاد می‌گوید «به ایشان سفارش کردم شما سکوت کنید تا من پیگیری کنم. نکته بدتر این است که بلافاصله در یکی از سایت‌ها نوشتند که این خانم از کشور «فرار کرده»! وقتی می‌نویسند فلانی فرار کرده است یعنی چه؟ یعنی وانمود کنند که جاسوس بوده که فرار کرده و این خانم مجبور شد توضیحاتی بدهد. کاری که من کردم مکاتبه، پیگیری و جلسه به اشکال مختلف بود»
به گزارش رویداد۲۴ پس از انتشار خبر خروج شهرزاد میرقلی خان از ایران، فیلم سلفی عجیبی از او منتشر شد. در این فیلم که ظاهراً ساعتی قبل از خروج وی از کشور و در مسیر فرودگاه ضبط شده، خانم بازرس ویژه رئیس صداوسیما ادعا می‌کند که به وی گفته شده ظرف چند ساعت باید ایران را ترک کند. بالاخره میرقلی خان ایران را ترک کرد و چندی بعد هم شهرزاد میرقلی خان خبر داد که با خالد سعید یکی از اعضای خاندان سلطنتی عمان ازدواج کرده است.
در ایران نیز پس از خروج شهرزاد، سرافراز با تغییر ساختار صداوسیما، قائم مقام فنی را که با بازرس ویژه‌اش اختلاف داشت تغییر داده و جایگزینش را به معاونت تنزل داد.
شهرزاد میرقلی خان در دوران حضورش در صداوسیما، کتابی نوشت و خاطراتش را از دوران زندان روی کاغذ آورده بود. سرافراز در مصاحبه‌ای که با روزنامه جام جم داشت، درباره انتصاب شهرزاد توضیح داده بود. او در آن مصاحبه گفت که انتصاب شهرزاد به اصرار نهادهای امنیتی بوده است اما بعد از آن به او انگ جاسوسی زدند.
سرافراز در آن مصاحبه گفته بود: «عوامل یک دستگاه امنیتی با فراخواندن او و بیان اینکه چرا کتاب چاپ کرده یا چرا با رسانه‌ها مصاحبه کرده است، از خانم میرقلی خان خواستند کشور را ترک کند. ابتدا اتهام مضحک جاسوسی زدند و بعد که مدرک نداشتند، حرف خود را پس گرفتند. اتهامات و برچسب‌هایی که در برخی رسانه‌ها و شبکه‌های اجتماعی درباره او مطرح شده؛ مانند جاسوسی، اختلاس، نفوذ و داشتن روابط نامشروع، ناشی از بداخلاقی است. دیگر اتهامی نبود که به ایشان نچسبانده باشند. تفسیر من این است که طراحان عملیات روانی علیه رسانه ملی نظیر موضوع قتل‌های زنجیره‌ای در اصل اهداف بزرگتری را دنبال می‌کنند.»
عبدالرضا داوری مشاور احمدی نژاد در توئیتی موضوع شهرزاد را تسویه حساب یک فرد امنیتی با محمد سرافراز خوانده بود. او در این توئیت مدعی شده بود که «یکی از بازجویان خشن همسر سعید امامی، شوهر خواهر محمد سرافراز بود؛ بعد از انتشار فیلم مهوع بازجویی قتل‌های زنجیره‌ای، سرافراز، طلاق خواهرش را از آن بازجو گرفت و طردش کرد تا امنیتی‌ها بعد از حدود دو دهه، امروز خرده حساب هایشان را با محمد سرافراز تسویه کنند.» کسی درباره این توئیت داوری سخنی نگفت و حتی خود سرافراز هم به خود زحمت نداد آن را تایید یا تکذیب کند.
چندی بعد هم امیر تاجیک مدیر مستعفی شبکه مستند به حمایت از سرافراز مطلبی در روزنامه «جام جم» نوشت «طبیعی است که اگر او در کشور می‌ماند و این اتهام [جاسوسی] را می‌شنید، به دلیل نداشتن مدرک، ادعای پوچ آنان برملا می‌شد؛ بنابراین ابتدا وی را تهدید به خروج از کشور و سپس ادعای جاسوسی کردند. مجموعه رفتار‌های خلاف شرع و اخلاق غیردوستان ما به همین جا منتهی نشده است»
در آن زمان برای اولین بار شایعه استعفای محمد سرافراز و عدم حضور او در محل کار منتشر شد. اخباری که گاهی تایید و گاهی تکذیب می‌شد، اما سرانجام آنچنان که انتظار می‌رفت استعفای سرافراز تایید شد.
او درباره استعفایش اینگونه گفت: «این قصه سر دراز داشت و بعد نسبت به افراد دیگری که مؤثر بودند شروع به اتهام‌زنی کردند؛ یعنی نحوه برخورد با ماجرای به شکست کشاندن مزایده و فشارآوردن برای حذف نیرو‌های مؤثر و کارآمد، آن هم با استفاده از روش‌های فراقانونی اصلاً پذیرفتنی نبود. وقتی بازخوردی از این اتفاقات نگرفتم و پاسخی به طور روشن دریافت نکردم، به این نتیجه رسیدم که من باید کنار بروم. چون این سیستم و این روش به نفع صداوسیما نیست؛ بنابراین در ۲۸ بهمن ۱۳۹۴ استعفا را تقدیم کردم و حدود دو ماه‌ونیم طول کشید تا استعفایم را قبول کردند.»
در مرداد ۹۵ کانال «فارس پلاس» یکی از کانال‌های خبرگزاری فارس، سه هفته پیش با اعلام اینکه «شهرزاد میرقلی خان از سفر امروز سرافراز و همسرش به عمان خبر داد»، فیلمی را به اشتراک گذاشته بود که زنی در آن با صدای بسیار شبیه به شهرزاد میرقلی‌خان، می‌گفت: «جمعه ۱۸ تیر ماه ۹۵، پرواز هواپیمایی عمان از مبداء تهران به مسقط به زمین نشست و میهمانان عزیز ما یعنی جناب آقای دکتر سرافراز و همسر عزیزشون به عمان خوش آمدند»
دوشنبه نیز همین کانال خبرگزاری فارس با به اشتراک گذشتن عکسی که میرقلی‌خان در فیسبوک گذاشته بود، به نقل از «صادق نیکو» فعال رسانه‌ای اصولگرا نوشت: «جناب سرافراز و خانم میرقلی خان در عمان! احمدی‌نژادی که [الحمدلله] خیلی زود رفت.»
مدتی پس از رفتن شهرزاد میرقلی خان از ایران، نام او نیز فراموش شده بود و به یکباره در اردیبهشت ۹۸ فیلمی منتشر شد که شهرزاد از محمد سرافراز که مدارکی در دست دارد، استقبالی گرم می‌کند. مدارکی که شهرزاد از آنها فیلم می‌گیرد و نام محمود احمدی نژاد نیز در میان آنها قرار دارد. هنوز کسی نگفته ارتباط محمد سرافراز و شهرزاد میرقلی خان چه بوده و رئیس پیشین صداوسیما چه وظیفه‌ای داشته که اسناد دادگاه فرد دیگر را برایش ببرد. ماجرای شهرزاد و محمد فعلا حلقه‌ای مفقوده زیادی دارد؛ فعلا هر از گاهی فیلمی منتشر می‌شود و سندی رو می‌شود و بخشی از این لایه‌های پنهان، آشکار می‌شود. در آخرین اطلاعات، از نامه‌هایش به سفارتخانه‌ها و درخواست تماس با کاخ سفید و درخواست پناهندگی سیاسی او گفته شده است. این قصه هنوز سر دراز دارد.