رویداد۲۴ علیرضا نجفی: «در سال ۱۳۲۹ که جبهه ملی راه افتاده و فعال بود، روزنامه‌ای منتشر می‌شد به نام شاهد که متعلق به مظفر بقایی بود و سخنگوی جبهه ملی محسوب می‌شد و روزنامه جنجالی و بسیار معروفی بود. در واقع تغذیه ما هم از منابع چپ یا راست غیرمذهبی بود... در زمینه سیاسی و اجتماعی مقالات ملکی یا روزنامه شاهد یا روزنامه حجار در دسترس ما بود.» نیم قرن خاطره و تجربه، جلد اول/ یدالله سحابی
«از درون و نیات اشخاص یا روابط مخفی اشخاص ما نمی‌توانیم زیاد اطلاع پیدا کنیم، مگر اینکه گذشت زمان و پاره‌ای حوادث نیات افراد را اشکار کند. برخی عوامل جبهه ملی وابستگی داشتند؛ از جمله آن دکتر مظفر بقایی بود. دکتر بقایی در بازجویی که پس از دستگیری ایشان در سال ۱۳۳۶ اتفاق افتاد، به وابستگی و ارتباط خود با مقامات آمریکایی اعتراف کرد.» نیم قرن خاطره و تجربه، جلد اول/ یدالله سحابی
«برای تکمیل کودتای مصدق، این کودتای قلابی را به وجود آوردند. حزب ما [حزب زحمتکشان] با هر گونه کودتا علیه مشروطیت پارلمانی مخالف است. مردم فریب نخورید. کودتا پرده دوم کمدی رفراندوم است.» روزنامه شاهد/ ۲۵ مرداد سال ۱۳۳۲
سیاستمداران کرمانی معمولا چند لایه بوده‌اند و سخت بتوان آنچه در ذهن آنها می‌گذرد را خواند. مظفر بقایی یکی از همین سیاستمداران است که در هر دوره‌ای به سمتی رفت و اتفاقا در آنجا جایگاهی ویژه هم یافت؛ در دوره‌ای به احمد قوام السلطنه و حزب دموکرات او پیوست و چندی بعد صادق هدایت نزدیک شد و با او برای برخی نمایندگان مجلس نطق می‌نوشت. در دوره‌ای به جبهه ملی پیوست و حامی سرسخت مصدق شد و زمانی دیگر به منتقد و مخالف جدی مصدق تبدیل شد. وقتی دیگر به خلیل ملکی پیوست و زمان دیگر از او جدا شد. در جمهوری اسلامی به راست‌ترین طیف سیاسی ایران پیوست و رفیق سیدحسن آیت شد و بعد به آمریکا رفت و باز به ایران بازگشت و در سال ۱۳۶۶ در تهران درگذشت. این خلاصه زندگی سیاستمداری است که با توجه به روابطش معلوم نشد دیدگاه‌هایش لیبرالی است یا سوسیالیستی یا مسلمانی دو آتشه است.
به گزارش رویداد۲۴ مظفر بقایی کرمانی سال ۱۲۹۱ در راور کرومان به دنیا آمد. پدرش میرزا شهاب الدین کرمانی از مبارزان مشروطه بود که در دوره‌های چهارم و پنجم مجلس شورای ملی مردم کرمان را نمایندگی می‌کرد. خانواده بقایی پیرو مذهب شیخیه (پیروان شیخ احمد احسایی) بودند و پدرش در دوره رضا شاه از قضات دیوان عالی کشور شد.
مظفر بقایی در کودکی به همراه پدرش به تهران آمد و تحصیلات اولیه را در آنجا به اتمام رساند و به عنوان دانشجوی فلسفه، در عصر پهلوی اول راهی سوربن شد تا به عنوان دکتر فلسفه از همان‌جا فارغ‌التحصیل شود. اما پس از قطع ارتباط فرانسه با ایران در ۱۳۱۷ دفاع از تز دکتری او ناممکن شد و به ایران بازگشت و با مساعدت علی اصغر حکمت وزیر معارف وقت به او درجه دکتری در فلسفه اخلاق دادند. اما از باب مطایبه هم که شده می‌توان گفت این دکتر فلسفه اخلاق، خیلی هم اخلاق خوبی نداشت! چرا که استاندارد‌های دوگانه او، از جمله تفاوت سبک زندگی و مشی سیاسی‌اش، این اواخر مورد توجه ناظران و مورخان تاریخ سیاست معاصر ما قرار گرفته است.
بیشتر بخوانید: احمد قوام السلطنه؛ جادوگر سیاست ایران
با تأسیس حزب دموکرات ایران در تیر ۱۳۲۵ به رهبری احمد قوام نخست‌وزیر وقت، بقائی به این حزب پیوست و پس از پیروزی در انتخابات به عنوان نامزد حزب دمکرات از کرمان، در سال ۱۳۲۶ به مجلس پانزدهم راه یافت. او در مجلس از نمایندگان جناح اقلیت بود و آنچه نام او را بر سر زبان‌ها انداخت، مخالفت با سپهبد رزم‌آرا رئیس ستاد ارتش، به ویژه پس از ترور نافرجام شاه در ۱۵ بهمن ۱۳۲۷ بود. از جمله دیگر اقدامات وی در این دوران استیضاح ساعد مراغه‌ای بود که موفق نبود و پس از این شکست بقایی حزب زحمتکشان را به همراه خلیل ملکی تاسیس کرد.
در ۲۲ مهر ماه ۱۳۲۸ مظفر بقایی به همراه مصدق و طرفدارانش به نبود انتخابات آزاد اعتراض کردند و پس از آن بود که بقایی و حزب زحمتکشان به علاوه چند حزب دیگر مانند حزب ایران و جامعه مجاهدین اسلام به جبهه ملی پیوستند و به دکتر مصدق نزدیک شدند. در همین زمان بود که بقایی برای ملی کردن صنعت نفت تلاش می‌کرد و یکی از امضا کنندگان طرح ملی شدن صنعت نفت در مجلس بود. به گزارش رویداد۲۴ در سال ۱۳۳۰ نیز به همراه خلیل ملکی حزب جدیدی تاسیس کردند و نامش را حزب زحمتکشان ملت ایران گذاشتند. چند ماه بعد بقایی با خلیل ملکی نیز به اختلاف برخورد و رابطه آنها پایان یافت.
بقایی که احوالات متلونی داشت از سال ۱۳۳۱ شروع به مخالفت با دکتر مصدق کرد و تا پایان عمر از مخالفان سرسخت وی باقی ماند. برخی اینگونه روایت کردند که سرتیپ افشار طوس رییس شهربانی دولت مصدق با توطئه بقایی به قتل رسیده است؛ این اتهام باعث دستور جلب وی از سوی دکتر مصدق شد، ولی با حمایت کاشانی محاکمه وی ممکن نشد.
بقایی با بازاریان و اوباش رابطه خوبی داشت. همین امر باعث شد در جریان کودتای ۲۸ مرداد نقش برجسته‌ای در حمله اوباش به منزل مصدق داشت. بقایی البته پس از کودتا با فضل الله زاهدی اختلاف پیدا کرد و همین امر موجب تبعید وی به زاهدان شد. پس از تشکیل حزب رستاخیز نیز به نقد تک حزبی شدن کشور پرداخت، اما همزمان اعلام کرد که به سلطنت وفادار است.
بیشتر بخوانید: خلیل ملکی؛ حل تضاد طبقاتی از راه مذاکره!
پس از انقلاب بقایی و دوستانش به جرم توطئه علیه انقلاب بازداشت شدند. چند ماه بعد نواری از وی تکثیر شد که در آن بازنشستگی خود از سیاست را اعلام می‌کرد و به وصیت نامه وی مشهور شد. وی در سال ۱۳۶۶ به صورت مشکوکی درگذشت.
محمد قوچانی در مقاله «مظفر بقایی و حسن آیت» با نام «هزار داستان هزاردستان» او را مبتکر سیاست تقرب به اسلام‌گرایان معرفی می‌کند چرا که دریافته بود در درازمدت، مناسبات قدرت به نفع نیرو‌های اسلامی تغییر خواهد کرد، در نامه‌های صادق هدایت می‌خوانیم که او، پایه شراب‌خواری‌های مفصل این نویسنده حامی مشروطه‌خواهی هم بوده است!
در نامه‌های شاگرد سیاسی‌اش، حسن آیت، اشاراتی هم به مجالس روزه‌خواری در منزل بقایی شده است. یعنی بی‌آنکه مقید به اصول اسلامی باشد، به عنوان یک کنشگر سیاسی، غش‌کردن به جانب گرایش‌هایی را در جامعه به عنوان تاکتیک به کار می‌بست که رفیقش هدایت، آن را مسلمان‌بازی می‌نامید. با این حال شاید شگفت‌انگیزترین شاهد برای این استاندارد دوگانه، برای آنچه که در فرهنگ و جامعه ما قدیمی‌ست و تحت عنوان دورویی یا ریاکاری مشهور است، در آن شماره‌هایی از روزنامه شاهد حزب زحمتکشان مظفر بقایی قابل ردگیری است که موجب تعجب خلیل ملکی، از متحدان سیاسی بقایی و مصدق هم شده بود.
خلیل ملکی در مقاله‌ای دو قسمتی با عنوان «تز ملی کردن صنایع نفت از کیست» (رجوع کنید: مجموعه مقالات خلیل ملکی، به کوشش رضا آذری شهرضایی، نشر اختران، به نقل از مجله نیروی سوم، مورخه دوم و هفتم خرداد ۱۳۳۲) برای ما از واقعیتی سخن می‌گوید که به اندازه کافی در تاریخ‌نگاری معاصر، و به تبع آن، در پیکره دانش سیاسی مردم ما ملحوظ نشده است.
در این مقاله که در ماه‌های آخر دولت مصدق نوشته شده، ملکی می‌گوید دکتر بقایی در مقالاتی که در روزنامه‌اش، شاهد درمی‌آورد خیلی جدی ملی کردن صنایع نفت را توطئه انگلیسی‌ها معرفی می‌کرد! در آن سال‌ها خود دولت انگلستان به ملی کردن صنایع بزرگ خودش پرداخته بود و بنابراین برای مردمی که فقط سرتیتر خبر‌ها را دنبال می‌کردند، احیاناً این پروپاگاندا زمینه‌ای برای باوراندن داشت.
خلاصه سخن ملکی این است که چون جبهه ملی آشکارا برنامه‌ای نداشت و خود او هم به علت اختلاف با جریان کلاسیک چپ (حزب توده) از دوستان سابق فاصله گرفته بود، با این نیت به این جبهه نزدیک می‌شود تا کاستی‌های آن را با تکیه بر بضاعت خود پوشش دهد. اما مواجهه با این عقیده که دولتی‌سازی صنایع نفت، توطئه انگلیسی‌هاست موجب تعجب او می‌شود؛ به طوری که بعد از اولین دیدار با دکتر بقایی در منزلش، تمامی راه بازگشت به منزل خودش را در این فکر می‌گذراند که چنین عقیده‌ای برچه مبنا می‌تواند درست باشد. نهایتاً در دیدار‌های بعدی مفصل با بقایی گفتگو می‌کند و قرار می‌شود برای او هم در روزنامه شاهد، مجالی فراهم کنند تا او هم عقیده متفاوت خود را بنویسد.
ملکی می‌گوید که بقایی ظاهراً مجاب شده و نگران این بوده که چطور می‌توان مخاطبان روزنامه را با چرخش ۱۸۰ درجه‌ای در خصوص سیاست نفت قانع کند. اما وعده بقایی دالّ بر اینکه تریبونی برای خلیل ملکی فراهم کند تا استدلال دیگری طرح شود، چندان هم استوار نبوده است. چیزی که واضح است این است که با روی کار آمدن دولت رزم‌آرا، اعضای جبهه ملی که یک فراکسیون هشت‌نفره در مجلس شورای ملی داشتند، تقریباً با هر سیاست از ناحیه این دولت مخالفت کردند. از اجرای متمم قانون اساسی مشروطه –که اجرای کامل آن، طبعاً وظیفه هر دولتی بوده– گرفته تا پیشنهاد رزم‌آرا برای مذاکره با طرف انگلیسی مستقر در صنایع نفت برای امتیازگیری و تربیت تکنسین ایرانی، تماماً با شدت و حدت نفی می‌شود.
به گزارش رویداد۲۴ اگرچه در مقاله دو قسمتی ملکی، درباره اینکه ملی کردن صنایع نفت، دقیقاً از چه زمانی در برنامه این افراد قرار می‌گیرد، اشاره صریحی نیست، اما می‌دانیم که بقایی و مصدق، طرح نمایندگان مجلس برای ملی کردن صنایع نفت را تا پیش از دولت رزم‌آرا امضا نکرده بودند. (لابد، چون آن را توطئه انگلیسی‌ها می‌دانستند)، اما به مجرد برآمدن دولت رزم‌آرا، پیداست که نرخ اقلام سیاسی تغییر می‌کند و قهرمانان جبهه ملی، تازه یادشان می‌افتد که خوب است صنایع نفت ملی شود!
خلیل ملکی تلویحاً می‌گوید که او طی مقالاتی، ایده ملی کردن صنایع نفت را جا می‌اندازد. اما این به عهده دانشجویان نسل جدید رشته تاریخ معاصر است که تحقیق کنند تغییر جهت ناگهانی بقایی و مصدق و دیگر رهبران «جبهه ملی» واقعاً بر اثر قدرت استدلال خلیل ملکی بوده یا قدرت رو به گسترش رزم‌آرا.
کارخانه صفحه‌سازی و گرامافون‌سازی انگلیسی تحت عنوان His Master’s Voice علامتی داشت متناسب با محتوای عنوانش «سگی نشسته و از قرار به صدای اربابش از گرامافون گوش می‌دهد.» مطابق با توضیحات ناصر پاکدامن در هشتاد و دو نامه صادق هدایت به شهیدنورایی، روزنامه شاهد مظفر بقایی در دوران ملی کردن صنعت نفت، با کنایه از این اصطلاح برای اشاره به سیاستمدارانی استفاده می‌کرد که آنها را هوادار سیاست انگلیس می‌دانست. پاکدامن با توجه به معاشرت هدایت با دکتر بقایی حدس می‌زند که منشأ این تعبیر سیاسی بقایی، هدایت بوده باشد. به ویژه که هدایت در همین قسمت از نامه ادعا می‌کند محصول سیاست‌های جاری سال‌های اخیر کشور، به نفع انگلستان بوده است.
در فایل صوتی که اخیرا از بقایی منتشر شده، بخش‌هایی از ماجرای آن سال‌ها مشخص می‌شود: «رزم‌آرا که اومد، دیگه ما شمشیر رو از رو بستیم! وقتی که اومد برنامه‌شو به مجلس ارائه بده ما شروع کردیم به هیاهو کردن. اونم رفت پشت تریبونو گوش‌های خودش را کر گرفت به حملات و داد و قال ما و بنا کرد به خوندن برنامه‌اش. ما دیدیم فریاد‌ها به جایی نمی‌رسد. من پیشنهاد کردم که این تخته جلو رو بکوبیم. بنا کردیم به کوبیدن این تخته و باز اون هی بنا کرد خواندن. مکّی [حسین]پهلوی من نشسته بود آقای دکتر مصدق اون ور. مکی گفت آقا غش کنید! دیگه کاری نمی‌شود کرد! یک دفعه دکتر مصدق غش کرد! حالت غش و رعشه و اینا. بعد کریم‌پور خودش را از تو تماشاچی‌ها انداخت پایین که آی پدر ملت رو کشتند و اینا که... مجلس تنفس بشه»
شاید بد نباشد به بهانه انتشار همین تکه از صدای بقایی، به عقب برگردیم و ببینیم که موضوع از چه قرار بوده است: بقایی در نشست چهل و دوم از مجلس شانزدهم شورای ملی، در مخالفت با نخست‌وزیری سپهبد رزم‌آرا، نطق خود را متکی بر دو استراتژی می‌کند: از یک سو، با مقایسه بین رزم‌آرا و رضا شاه پهلوی، القاء می‌کند که فضای بسته سال‌های آخر حکومت رضا شاه، توسط یک نظامی دیگر که شبیه به اوست (رزم‌آرا) تکرار خواهد شد. از سوی دیگر، ادعا می‌کند که برنامه‌های دولت رزم‌آرا از جمله اجرای بخش معوقه قانون اساسی، با عنوان «انجمن‌های ایالتی و ولایتی» که دولت وقت از آن به «دی‌سنترالیزاسیون» (تمرکززدایی سیاسی) تعبیر می‌کرد، مستقیماً القاء شده توسط انگلستان است!
او به جای اینکه به محتوای برنامه‌ی رزم‌آرا بپردازد تنها به تکرار این دو اتهام –یا به قول شریف امامی که در مجلس حاضر بود، این «قصاص قبل از جنایت»- می‌پردازد و می‌گوید: «من فرصت این را که وارد برنامه دولت بشوم ندارم، ولی سؤال می‌کنم که آیا داشتن برنامه و نقشه منظم تنها شرط موفقیت است؟ کدام یک از دولت‌هایی که تا حال آمدند برنامه نداشته‌اند؟ و کدام یک برنامه‌هایشان را اجرا کرده‌اند؟ تعبیه برنامه و نقشه کار مشکلی نیست و هر دولتی می‌تواند به کمک متخصصان فنی و خبرگان نقشه و برنامه شسته و رفته برای خود تهیه کند. همانطور که عرض کردم متأسفانه فرصت نیست که وارد در برنامه بشوم، ولی یک نکته را به آقایان عرض می‌کنم که جناب آقای رزم‌آرا برای قسمت عمده این برنامه خودشان که عدم مرکزیت و دسانترالیزاسیون باشد زحمت زیادی کشیده‌اند برای این که اگر آقایان به خاطر داشته باشند و اگر به خاطر ندارند ممکن است بنده به خاطرشان بیاورم و مدارک را نشان بدهم که برنامه دسانترالیزاسیون آن چنان برنامه‌ای است که قبل از شهریور انگلیسی‌ها می‌خواستند در این مملکت اجرا بکنند. البته تویش یک چیز‌های خوب دارد، ولی یک چیز‌های بسیار بسیار خطرناک هم دارد که هر کس نمی‌تواند دست به چنین برنامه‌ای بزند و من برای برنامه دسانترالیزاسیون بسیار نگران هستم، بنده مدارک کتبی دارم، مدارک حسابی دارم که انگلیسی‌ها ده سال پیش می‌خواستند دسانترالیزاسیون را در این کشور اجرا کنند» (مذاکرات مجلس شانزدهم، نشست چهل و دوم، منبع پایگاه اینترنتی کتابخانه، موزه و مرکز اسناد مجلس شورای اسلامی)
بقایی می‌گوید چون بی‌بی‌سی اخبار مثبتی از برآمدن دولت رزم‌آرا منتشر می‌کند، هر کس باید به استقلال این دولت شک کند: «شما گول آنچه را که در رادیو آمریکا می‌گویند نخورید. به رادیو انگلستان گوش کنید و ببینید چه روز‌های خوشی برای شما پیش‌بینی می‌کنند. الان یکی از آقایان طرفدار دولت می‌گفتند که این آقای رزم‌آرا را تا حالا که نخست وزیر نبوده و کاری نکرده شما چرا قصاص قبل از جنایت می‌کنید (گویا آقای امامی بودند) من این را قبول می‌کنم. ولی می‌پرسم آیا من می‌توانم بهتر سپهبد رزم‌آرا را بشناسم یا مخبر رویتر که دو صفحه تلگراف می‌کند و وعده می‌دهد که دوران جدید تاریخ ایران آغاز شده است اگر من بگویم که این مملکت را به فنا خواهد برد، قصاص قبل از جنایت کرده‌ام. ولی وقتی رادیو لندن ابراز امیدواری برای آتیه‌ی ما می‌کند آن قصاص قبل از جنایت نکرده است»، اما نقطه‌ی اختلاف و افتراق دیدگاه سیاسی هدایت با بقایی به ویژه آنجاست که بقایی متحدان سیاسی رزم‌آرا را به جهت همدستی در تبعید آیت‌الله کاشانی به شدت محکوم می‌کند و سعی می‌کند از وجهه مذهبی و محبوبیت کسی که هدایت او را «مرتیکه آخوند کاشی» می‌نامد، علیه دولت رزم‌آرا بهره بگیرد.
بقایی در همین جلسه می‌گوید: «در مورد شخصی که در موقع تبعید غیرقانونی حضرت آیت الله کاشانی احساسات و عواطف دینداران و آزادیخواهان را جریحه‌دار ساخته، چه اصراری است که اکنون دارای یک پست مهمی شود و در وقتی که این پیشوای روحانی بزرگ تنبیه تبعید کننده خود را از مجلس شورای ملی به نام حفظ مشروطیت و حقوق اجتماعی می‌خواهد، مقامی بهتر و بالاتری به او بدهند. آقایان اگر مراجعه به اخبار روزنامه‌ها و انتصابات جدیدی که به عمل آمده است بکنند صحت نوشته این روزنامه کاملاً برای ایشان آشکار خواهد شد. همین شهربانی را که در این مثال زده‌اند: رئیس شهربانی همان کسی است که نصف شب ریخت به خانه کاشانی و این پیرمرد محترم را با آن اهانت‌ها و وضعی که همه اطلاع داریم به نظمیه بردند (مکی معتقد است به دژبانی بردند) و با آن ترتیبی که می‌دانید تبعیدش کردند و آن وقت معاون شهربانی همان کسی است که صفحات روزنامه‌ها مداخلات او را که به دستور و امر همین جناب آقای نخست وزیر صورت می‌گرفت یعنی آن آقای سرتیبپ‌زاده، همان شخصی را که ناگزیر شدند از شهربانی بعد از آن افتضاحات دور کنند، دوباره به شهربانی برگرداندند با یک پست بهتر...» (منبع همان)
بیشتر بخوانید: سیدحسن آیت؛ چهره مرموز سیاست ایران
کاشانی به جرم همدستی با توطئه ترور موفق نخست‌وزیر پیشین، عبدالجسین هژیر به دست فداییان اسلام، جلب و تبعید شده بود و متأسفانه مخالفان رزم‌آرا سعی کردند از احساسات مذهبی مردم، جهت تضعیف رزم‌آرا و احیاء کاشانی استفاده کنند. همین‌طور شایان ذکر است که بقایی پس از یک سال از روی کار آمدن دولت محمد مصدق نیز، ضمن حفظ ائتلاف خود با آیت‌الله کاشانی، علیه دولت مصدق جنگید و حتی او و یارانش در پاره‌ای خشونت‌ها –از جمله حمله به منزل محمد مصدق– در واقعه عزل مصدق دست داشتند.
شاگرد او حسن آیت، در ابتدای انقلاب اسلامی اصرار داشت که عزل مصدق توسط شاه را «قیام ملی» بنامد و در این ارتباط مقاله‌ای برای روزنامه جمهوری اسلامی فرستاد که در آن زمان توسط میرحسین موسوی اداره می‌شد. آیت، به تأسی از استاد خود، و جهت تضعیف موقعیت سیاسی موسوی، ادعا می‌کرد که اسنادی مبنی بر وابستگی موسوی به انگلستان دارد.
در همین نشست چهل و دوم، پیش از آنکه بقایی صحبت کند، مصدق در سخنرانی کوتاه و بسیار پرشوری (قبل آنکه غش کند)، چهار بار صریحاً وعده قتل نخست‌وزیر مملکت را داد و عجیب اینکه چهار روز بعد از این تهدید، رزم‌آرا با طپانچه فداییان اسلام که در آن مقطع زمانی متحد جبهه ملی محسوب می‌شدند، هنگامی که برای مراسم مذهبی ختم یکی از علماء در مسجد حاضر شده بود، به قتل رسید.
این اواخر پژوهشگران علاقه‌مند به تاریخ معاصر، خیلی دشوار می‌بینند که این را یک مقارنه تصادفی تعبیر کنند. اگر واقعاً تهدید به ترور از ناحیه مصدق، یک بلوف‌زنی ساده نبوده که حسب اتفاق با توطئه قتل رزم‌آرا مقارن شده باشد، واضح است که نقش مظفر بقایی هم را هم باید پشت پرده این ترور ملحوظ کرد. چون اختلاف با مصدق، حداقل سالی پس از این تاریخ میان آن دو پیدا شده است. اما بقایی خود یک‌تنه در مظان اتهام دو ترور دیگر هم هست: ترور افشارطوس، رییس شهربانی وقت تهران که از ناحیه مصدق منصوب شده بود و قتل سرگرد سخایی در کرمان.
خود بقایی در مصاحبه بلندش با حبیب لاجوردی (کتاب خاطرات دکتر مظفر بقایی) این اتهامات را رد کرده و گفته «چون مطابق اطلاعاتی که ما به دست آوردیم افشارطوس با مصدق اختلاف پیدا کرده بود و خیال داشته استعفا دهد، حتی گفتند روز پیش از این واقعه کاغذهاش و این‌ها را از شهربانی برده بود و خیال استعفا داشت. و آن‌طوری که پزشکی قانونی به اصطلاح روی جسد مطالعه کرده بود و گزارش داده بود، در روی جسد آثار خون‌مردگی در اثر سرما ذکر شده بود. این‌ها گفتند که این جسد را کنار نهر آب دفن کردند. نهر آب اصولا مرطوب است، وقتی هم خاک روی یک چیزی باشد این به حدی نمی‌رسد که جسد یخ ببندد و این چیز را داشته باشد. یک احتمال هست که این را جای دیگری کشته باشند و جسد را برده باشند آنجا، چون دو تا واقعه اتفاق افتاد مقارن همان زمان: یکی [اینکه] یکی از کارمندان شهربانی در بیرون تهران خودکشی کرده بود. نوشتند که این شخص قبلا در اداره آگاهی بوده تو اداره چی بوده، اقدام کرده بود که به حسابداری منتقل شود و تازه یکی دو ماه بود منتقل شده بود، از کارش هم راضی بوده، و این خودکشی کرده. یکی دیگر یک جنازه‌ای در حفره‌های زیر کلاک تو جاده کرج پیدا کردند که نوشته بودند که این لخت بوده و جزئیاتش حالا یادم نیست، خودکشی بوده یا کشته شده بود، که این هم مشکوک بود. یک احتمال هم از این طرف هست. ولی در هر صورت شخص بنده هیچ نوع دخالتی نداشتم. مسلما هیچ اطلاعی نداشتم.»
بقایی هیچ‌گاه در ارتباط با این دو پرونده (سخایی و افشار طوس حکمی نگرفت. کاشانی که متحد سابق هر دوی آنها بود، (مصدق و بقایی)، نقش مهمی در عدم تعقیب موثر بقایی بازی کرد. بقایی جان بدر برد و تا سال‌ها دعاگوی اعلیحضرت همایونی بود و حتی عمرش از شاه، که بر اثر سرطان درگذشت، درازتر رفت. او در روز همه‌پرسی قانون اساسی جمهوری اسلامی در دفتر حزب زحمتکشان، سخنرانی مفصلی درباره پیش‌نویس قانون اساسی رژیم جدید هم ایراد کرد.
حسن آیت عضو مجلس خبرگان قانون اساسی بود و او بود که پیشنهاد کرد اصل ولایت فقیه در قانون اساسی نظم جدید گنجانده شود. به این ترتیب، مظفر بقایی اگر در هیچ قتل سیاسی‌ای واقعاً نقش نداشته است، دست‌کم به قانون اساسی جمهوری اسلامی، ضبط و ربطی پیدا کرده است. روایت‌های بیشتری هست که اگر جدی بگیریم مفهومش این است که در برخی عزل و نصب‌های اوائل انقلاب در ارتش هم به واسطه یارانش موثر واقع شده است.
اما سیاست امری پیچیده است. بقایی پس از استقرار نظم جدید، سفری به آمریکا کرد و در بازگشت بازداشت شد. از رسانه‌ها اعلام کردند که پیرمرد پیش‌کسوت که به علاقه به روحانیت خود را شهرت داده بود، سفلیس گرفته است. سفلیس یک بیماری مقاربتی‌ست و آن زمان درگیری گروه‌های سیاسی، به ایراد اتهامات جنسی و بی‌ناموسی علیه یکدیگر هم متأسفانه منجر می‌شد. امروز کسی نمی‌تواند بفهمد که پیرمرد داستان ما واقعاً سفلیس گرفته بوده یا، چون کسانی از ناحیه او خطری احساس کرده بودند، چنین شایع کردند.
بقایی در ۲۷ آبان ۱۳۶۶ در زندانی که این بار اثری از تصاویر شاه و ملکه بر دیوار‌های خود نداشت، برای همیشه غش کرد. در حالی که یکی از شاگردانش در کتاب خود می‌نویسد که شاه پیش از آنکه بمیرد به او گفت: «سی سال دکتر بقایی به من نظرات خوبی ارائه داد و من هرگز به آنها گوش ندادم. اگر به دکتر بقایی تلفن کردی، سلام من را به او برسان.» (به نقل از مقاله سابق‌الذکر محمد قوچانی، نقل از کتاب شاهد منصور رفیع‌زاده، ص۴۰۰)